Hồ Ptolemy có hệ sinh thái đa dạng.[31] Các loài thực vật được ghi nhận ở hồ Ptolemy là racosperma và Tamarix, cũng như Balanitos aegyptiaca và Capparis decidua.[22] Tranh hình thành trên bờ phía Nam và Tây của hồ.[17] Sự tồn tại của các loài thực vật trong chi Hương bồ cho thấy giai đoạn nước hồ cạn xảy ra.[15] Đá trầm tích Stromatolite cũng được hình thành trên bờ hồ và cùng với limnite để xác định bề mặt hồ.[32]

Các loài thuộc lớp Giáp trai được tìm thấy trong hồ bao gồm Candonopsis, Cyprideis, Cypridopsis, Cyprilla, Darwinula, Herpetocypris và Limnocytherae.[29]

Có khoảng 18 loài cá sống trong hồ,[20] như Clarias lazera, Lates niloticus và Synodontis.[15] Tương tự như vậy, các hóa thạch của rùa nước và hà mã đã được tìm thấy trên khu vực của hồ cũ. Sự tồn tại của các động vật hoang dã đã dùng báo cáo trong bản đồ năm 1858.[2] Hóa thạch của các động vật khác được tìm thấy là cá sấu sông Nile, pelomedusidae và trionychidae.[22] Động vật móng guốc và Thryonomys đã từng sống quanh hồ. [33]

Bờ phía Nam của hồ Ptolemy có thể có con người đặt chân đến vào thời đại đồ đá mới, và có thể cả voi cũng có mặt.[34] Ngoài ra, nhiều hiện vật nhân tạo được tìm thấy trong khu vực xung quanh hồ cũ[35].